Когда святому Аполлонию было пятнадцать лет, он удалился в внутреннюю Фиваидскую пустыню (Нижний Египет), где провел сорок лет в монашеском подвиге. Там в близи Хермрполиса он основал монастырь, где служило более 500 монахов. Святой Аполлоний жил соблюдая строгий пост, только по воскресеньям он ел приготовленную пищу, в другие дни питался плодами диких растений.
Все монахи вступая в духовный подвиг в монастыре Аполлония следовали его примеру и соблюдали строгий пост. Святой подвижник умер в четвертом веке.